Những chuyến công du của Giáo hoàng Phaolô VI gây được thiện cảm của những Kitô hữu lẫn những người không tin Chúa Giêsu. Năm 1965, ông đến Hoa Kỳ và Bồ Đào Nha, năm 1966 ông gặp Giáo chủ Hồi giáo Rouhani, gửi trả lá cờ đã bị lực lượng Ki-tô giáo tịch thu tại trận Lepanto (1571). Năm 1967, ông đến Istamboul và gặp gỡ Thượng phụ Athenagoras, năm 1968 ông đến châu Mỹ La Tinh, năm sau ông đến Genève và Ouganda, năm 1970 ông đi Đông Á.

Năm 1966, ông gặp Tổng Giám mục Cantorbery (Anh giáo). Ông tham dự Ðại Hội Thánh Thể ở Ấn Độ, Colombia, và Ý, và đến thăm những nơi bị thiên tai (Pakistan), cũng như những nơi sùng kính Mẹ Maria (Fatima và Ephêsô). Ông cũng tìm kiếm sự hiệp nhất với vị Giám mục lãnh đạo Anh Giáo, Michael Ramsey.

Gặp gỡ Chính thống giáo

Cắt đứt với truyền thống ngồi tại chỗ của ngôi vị Giáo hoàng, ông đã khởi đầu một loạt các cuộc công du qua Thánh địa Giêrusalem (4 đến 6 tháng 1) năm 1964. Trong chuyến công du này, ông đã gặp gỡ các thượng phụ của Chính thống giáo Ðông Phương.

Sau khi viếng đền thờ mồ thánh về, tại tòa khâm sứ Tòa thánh trong khu vực Jordania, ông tiếp Giám mục Benedict, giáo chủ chính thống tại Jesusalem, ông nói: "Chúng ta hãy quên đi quá khứ và hướng về những gì trước mắt chúng ta".

Ngày hôm sau, ông đã có cuộc gặp gỡ lịch sử với thượng phụ Athenagoras thành Constantinopolis. Thượng phụ Athenagoras choàng vào cổ Giáo hoàng dấu hiệu hôn hòa bình. Athenagoras đã trao cho Phao lô VI một ảnh tượng thể hiện hai thánh tông đồ Phêrô và Anrê. Đây là lần đầu tiên kể từ cuộc đại ly giáo năm 1054, Giáo hoàng của giáo hội công giáo gặp gỡ Thượng Phụ của thành Constantinopolis.

Chính ngày bế mạc công đồng Vatican II, Phaolô VI và giáo chủ Athenagoras của Constantinopolis đã cũng một lúc xóa bỏ án "vạ tuyệt thông lẫn nhau", nguyên nhân của vụ ly khai năm 1054.

Ngày 25 tháng 7 năm 1967, Ông có cuộc du hành sang Istanbul và viếng thăm đức thượng phụ giáo chủ Athenagoras của Constantinopolis. Tại đây, ông nói" "Đầu năm nay, chúng tôi kỷ niệm mười chín thế kỷ sứ vụ chứng tá cao cả của hại vị tông đồ Phê-rô và Phao-lô, chúng tôi lại tìm nhau để trao đổi cái "hôn hòa bình" của tình bác ái huynh đệ. Những điểm làm chúng tôi còn phân cách không ngăn cản chúng tôi nhận thức sự hiệp nhất sâu đậm. Đức bác ái phải giúp chúng tôi nhận biết cùng một tiếng nói trên tất cả các điểm dị đồng".

Tháng 11, năm 1967, thượng phụ Athenagoras đã có chuyến viếng thăm Roma. Trong hội nghị cả hai đã cùng nói lên ước muốn được nhau cùng phục vụ công lý và hợp nhất đức ái các tín hữu của mình, đã nhắc lại lời của Chúa:"Khi con đến bàn thờ dâng lễ vật..." (Mt 5,23t), hai vị cùng tuyên bố như sau:

"a. Hối tiếc về những lời xúc phạm, những lời trách cứ thiếu nền tảng và những hành vi đáng lên án của cả hai phía, trong và sau những biến cố đáng buồn đó. b. Hối tiếc và xin xóa đi trong ký ức những bản vạ tuyệt thông lẫn nhau. Nó vốn đang là trở ngại chính cho việc xích lại gần nhau trong đức ái, chớ gì chúng được quên đi. c. Hối tiếc về những điều đáng buồn trước đó và những biến cố sau này, chịu tác động bởi nhiều nguyên cớ, nhất là vì thiếu hiểu biết và coi thường lẫn nhau đã đưa đến việc cắt đứt mối hiệp thông của Giáo hội."

Ấn Độ

Tháng 12 năm 1964, Phaolô VI du hành Bombay, Ấn Độ nhân dịp Đại hội thánh thể lần thứ 38, ngày 2.12 mà mục đích chính là viếng thăm người nghèo, kêu gọi hòa bình thế giới và đối thoại với các tôn giáo khác.

Lễ giáng sinh, ông đọc một sứ điệp gửi thế giới với đề tài: "Tình huynh đệ, nền tảng của xã hội mới".

Tại Liên Hiệp Quốc

Ngày 4-10-1965, tại diễn đàn Liên Hiệp Quốc ở New York, Phaolô VI kêu gọi "không bao giờ để xảy ra chiến tranh nữa" và được mọi người hưởng ứng. Ông khẳng định: "là chuyên gia về nhân loại, chúng tôi tôn trọng con người".

Qua các chuyến du hành, ông không ngừng lên tiếng bênh vực cho nhân quyền. Ủy ban "Công lý và Hòa bình" được thiết lập năm 1967 có văn phòng tại nhiều quốc gia. Người kitô hữu được kêu gọi hiện diện và hoạt động trong mọi lãnh vực của đời sống qua việc dấn thân xã hội và chính trị của họ. Nhiều phong trào Công giáo tiến hành mong muốn có một chọn lựa về chính trị rõ rệt. Tuy nhiên chủ trương đa dạng về dấn thân gây nên một số căng thẳng do dị biệt giữa các Kitô hữu.

Tại Colombia

Tháng 8-1968, Phaolô VI đến Colombia (Bogota và Medellin) nhân dịp hội nghị Giám mục châu Mỹ Latinh (CELAM). Ông công bố:"Hòa bình có tên gọi là phát triển".

Cũng trong hội nghị Medellin, các Giám mục Nam Mỹ đã chọn đứng hẳn về phía người nghèo trong lục địa, kêu gọi một cuộc giải phóng toàn diện (như Maisen cứu dân khỏi nô lệ Ai cập), chiến đấu cho Công lý, cho sự phát triển chân thực để mọi người có điều kiện sống hợp với nhân phẩm hơn... Đây là bước khởi đầu của thần học giải phóng.

Ngày nay, vấn đề quan yếu mà mỗi người phải ý thức là vấn đề xã hội có tầm vóc toàn cầu (...). Đã xảy ra nhiều tình trạng bất công thấu đến trời cao. Khi có nhiều dân tộc, bị tước đoạt những thứ cần thiết, phải sống trong sự lệ thuộc đến độ ngăn cản họ có bất kỳ sáng kiến và trách nhiệm nào (...) Họ bị cám dỗ dùng bạo động để đẩy lùi những bất công như thế, nhằm cổ vũ phẩm giá con người (...).

Sự phát triển không thể giản lược vào việc gia tăng kinh tế đơn thuần. Để là phát triển chân thực, nó phải toàn diện, nghĩa là thăng hoa toàn diện con người và mọi người (...). Vấn đề là xây dựng một thế giới, trong đó mọi người, không phân biệt chủng tộc, tôn giáo, quốc tịch, có thể sống một cuộc đời hoàn toàn xứng đáng là con người, được giải thoát khỏi mọi thứ nô lệ đến từ phía con người hay từ thiên nhiên chưa được điều khiển cách đầy đủ (...). Nếu phát triển là tên gọi mới của hòa bình, còn có ai không ao ước hoạt động hết sức mình cho phát triển chăng ? (Đức PhaoLô VI ngỏ lời với người Colombia ngày 23 tháng 8 năm 1968).

Thụy Sĩ

Ngày 13.4.1969, Giáo hoàng Phaolô VI tấn phong 33 tân hồng y. Cũng năm này ông có chuyến viếng thăm đến Geneve (Thụy Sĩ), đây là chuyến viếng thăm đầu tiên của một vị Giáo hoàng đến Geneve kể từ khi nơi này trở thành trung tâm giáo hội Tin Lành (thế kỷ XIX). Sau đó là chuyến viếng thăm Ouganda (Phi châu). Trong chuyến thăm này ông đã đến dự đại hội hội đồng Giám mục Phi châu và gặp gỡ nhiều nguyên thủ quốc gia.

Philippin

Ngày 15.9.1970, ông tuyên bố giải tán lực lượng cảnh binh Tòa thánh, chỉ còn giữ lại 56 lính canh Thụy Sĩ và một lực lượng dân sự mới thành lập, có nhiệm vụ cảnh sát tại Tòa thánh.

Trong năm này, ông cũng có các chuyến thăm mục vụ đến nhiều quốc gia trên thế giới đặc biệt là cuộc viếng thăm các quốc gia ở Á châu và châu Đại dương.

Tại phi trường Manila (Philippin) ông bị một họa sĩ người Bolivia tên là Benjamín Mendoza y Amor Flores mưu sát, nhưng Mendoza đã bị bắt tại trận. Sau đó ông đọc diễn văn trước Hội đồng Giám mục Á châu, và chủ tọa phiên họp Hội đồng Giám mục châu Đại dương.